査定額はあくまで査定額なので、実際に物件を売却したときに同じ金額になるとは限りません。
査定額は、不動産会社が物件の状態や立地などから「この額なら売却できそうだな」と判断して算出される金額です。
しかし、実際に空き家を売る時の売却価格は「売主と買主で合意になった実際の売却価格」のことを指し、成約価格とも呼ばれています。
机上査定でも訪問査定でも、あくまで算出される金額は参考値であるため、実際の価格は売主の判断に委ねられます。
実際に売る価格は、売却にかかる期間や周辺の環境、ローンの残りや売却にかかる費用も考えた上で決めていきましょう。